本代码分为三部分：

(一）描述性统计

数据集和源代码储存于文件夹“Figure1-2”，文件包含：

——————-数据集——————-
wuhan_CDR.csv: 
Y（武汉市死亡率）；dead（武汉市死亡人数）；X1（武汉市新增确诊人数）；X2（武汉市定点医院的床位数）；X3（武汉市医护人员支援数）

武汉市核酸检测人数.xlsx

医护人员.xlsx:各市医护人员分布

——————绘图———————-
汇总.R：用于绘制：Figure 1: 除武汉市外湖北省其他16个城市的医护人员分布（截至2020年3月17日）。
                 Figure 2: 武汉市每日核酸检测人数，武汉市定点医院的床位数。
 
（二）武汉市分析方法及结果

——————-数据集——————-
wuhan.csv:
Y（武汉市新增确诊人数）；X1（核酸检测样本数）；X2（核酸检测从采样送检到反馈结果所需的平均时间）；X3（累计医护人员数）；X4（是否封城）；X5（确诊人数是否包含临床诊断病例数）

———————分析方法———————————

武汉fit.R:

1.估计变系数：估计结果分别保存在beta1.csv；beta2.csv；beta3.csv；

2.基于估计的变系数，估计出新增确诊人数：估计结果保存在lamhat.csv；

3.估计最优的潜伏期；

4.估计实时传播率及实时再生数：估计结果分别保存在Gamhat.csv。


 
———————武汉fit.R中用到的函数———————————

basis_fun.R:样条基函数

quantileknots.R:样条基函数节点分割

———————武汉fit.R的部分估计结果———————————

绘制估计结果和变系数的95%置信区间时使用（CI_95.R），运行程序前建议将以下运行结果删除。

beta1.csv
beta2.csv
beta3.csv
lamhat.csv
Gamhat.csv

CI_95.R：用于绘制估计结果并给出变系数的95%置信区间。

（三）湖北省其他市分析方法及结果

——————-数据集——————-
Others.csv:
city_confirmed（其他各市新增确诊人数）；X1（武汉市到湖北其他市的迁徙强度）；X2（核酸检测从采样送检到反馈结果所需的平均时间）；X3（累计医护人员数）；X4（是否封城）；X5（确诊人数是否包含临床诊断病例数）

———————分析方法———————————

hubei_fit.R:  

1.估计变系数，并基于估计的变系数，估计出新增确诊人数。

2.估计最优的潜伏期；

3.估计实时传播率及实时再生数；

4：模拟得出变系数的95%置信区间。

———————hubei_fit.R的部分估计结果———————————

CI_95.R：用于绘制估计结果并给出变系数的95%置信区间。



